- Το φύτρωμα του σπόρου αρχίζει με την απορρόφηση υγρασίας, στην αρχή διαμέσου της χάλαζας και αργότερα από όλη την επιφάνεια του σπόρου. Ο ρυθμός ενυδάτωσης του σπόρου ποικίλλει ανάλογα με την ποικιλία, την περιοχή παραγωγής του σπόρου, τα σπασίματα από την συλλεκτική μηχανή και τα πριόνια του εκκοκκιστηρίου, από την εφαρμογή ή μη της αποχνοώσης και φυσικά από την θερμοκρασία και την υγρασία του εδάφους. Εάν επικρατούν ευνοϊκές συνθήκες θερμοκρασίας, υγρασίας και αερισμού σε 2-3 ημέρες προβάλλει το ριζίδιο, ανοίγοντας δίοδο από τη μικροπύλη και εισχωρεί κατακόρυφα στο έδαφος. Επίσης με γρήγορο ρυθμό αυξάνει και το βλαστίδιο. Το τμήμα που βρίσκεται κάτω από τις κοτυληδόνες, γνωστό ως υποκοτύλιο, σχηματίζει ένα άγκιστρο με την κορυφή του οποίου σπρώχνει το έδαφος και εμφανίζεται στην επιφάνεια. με κανονικές συνθήκες σε 1-2 ημέρες παίρνει κατακόρυφη θέση, παρασύροντας τις κοτυληδόνες και το αρχέφυτρο που βρίσκεται ανάμεσά τους, έξω από το έδαφος. Ανάλογα με την εποχή σποράς, τις καιρικές συνθήκες, την υφή και την κατάσταση του εδάφους και το βάθος σποράς, το φύτρωμα στη χώρα μας γίνεται σε 8-15 ημέρες μετά τη σπορά. 

- Σε ορισμένες ποικιλίες βαμβακιού παρατηρείται λήθαργος, ο οποίος μπορεί να οφείλεται σε διάφορους λόγους, οι κυριότεροι από τους οποίους είναι, η κατασκευή των περιβλημάτων του σπόρου, τα οποία εμποδίζουν την πρόσληψη του νερού (ίσως και του οξυγόνου), η μη ολοκλήρωση της ανάπτυξης του εμβρύου, ορισμένες βιοχημικές μεταβολές την εποχή της συγκομιδής. Η διάρκεια του ληθάργου εξαρτάται από την ποικιλία αλλά και από τις συνθήκες του περιβάλλοντος (θερμοκρασία-υγρασία).

- Ο σπόρος του βαμβακιού φυτρώνει γενικά δύσκολα και μπορεί να καταστραφεί, εάν αμέσως μετά τη σπορά επικρατήσουν δυσμενείς συνθήκες. Ο σπόρος που θα χρησιμοποιηθεί πρέπει να έχει διατηρήσει την φυτρωτική του ικανότητα, η οποία μπορεί να χαθεί πολύ γρήγορα με ακατάλληλη αποθήκευση. Η επιτυχία του φυτρώματος εξαρτάται κυρίως από τον κατάλληλο συνδυασμό θερμοκρασίας και υγρασίας. 

- Το βαμβάκι, λόγω της καταγωγής του, φυτό τροπικών και υποτροπικών περιοχών, έχει μεγάλες απαιτήσεις σε θερμοκρασία. Ελάχιστη θερμοκρασία για το φύτρωμα του σπόρου θεωρούνται οι 15 βαθμοί κελσίου και σε αυτή την θερμοκρασία το φύτρωμα γίνεται με αργό ρυθμό. Στους 20-30 βαθμούς κελσίου η ταχύτητα φυτρώματος είναι 2 φορές μεγαλύτερη απ ότι στους 15 βαθμούς κελσίου. Όμως και πολύ υψηλές θερμοκρασίες (πάνω από 35 βαθμοί κελσίου) είναι επιζήμιες. Πάντως, την εποχή της σποράς η θερμοκρασία του εδάφους συνήθως είναι τόσο χαμηλή ώστε να μην δικαιολογείται ανησυχία για κίνδυνο από υπερβολική ζέστη, ενώ αντιθέτως υπάρχει σοβαρός κίνδυνος για την πορεία του φυτρώματος από απότομη πτώση της θερμοκρασίας.

 
- Για να ξεκινήσει η διαδικασία του φυτρώματος, ο σπόρος πρέπει να απορροφήσει υγρασία διπλάσια, και πολλές φορές τριπλάσια του βάρους του. Η ενυδάτωση είναι η αρχή πολλών μεταβολικών και φυσιολογικών διεργασιών. Εάν δεν υπάρχει η απαιτούμενη υγρασία, ο σπόρος μπορεί να μείνει αμετάβλητος στο έδαφος για πολύ καιρό. Δεν αρκεί όμως μόνον να υπάρχει υγρασία στο έδαφος. Για να την προσλάβει ο σπόρος θα πρέπει και η θερμοκρασία να μην είναι χαμηλή. Ωστόσο, και η υπερβολική υγρασία είναι ανεπιθύμητη γιατί εμποδίζει τον αερισμό και μειώνει τη θερμοκρασία του εδάφους. Ο συνδυασμός δε χαμηλής θερμοκρασίας και υψηλής υγρασίας, ευνοεί τον πολλαπλασιασμό διαφόρων μικροοργανισμών, οι οποίοι προκαλούν σάπισμα του σπόρου ή καταστροφή των νεαρών φυταρίων από σήψεις. 

- Με προσωρινή περίοδο ευνοϊκών θερμοκρασιών, ο σπόρος μπορεί να φυτρώσει. Με απότομη όμως μεταβολή του καιρού είναι δυνατόν η θερμοκρασία να κατέβει τόσο χαμηλά, ώστε ντα νεαρά φυτά να παγώσουν και να καταστραφούν. Λόγω των πλεονεκτημάτων της πρώιμης σποράς ο κίνδυνος αυτός είναι πάντοτε μεγάλος, ιδίως στη Βόρεια Ελλάδα. Χαμηλές θερμοκρασίες (5-10 βαθμούς κελσίου) αποδείχθηκαν πιο επιζήμιες, όταν διαδέχονται περίοδο ζέστης, που συντελεί στο να αρχίζει η διαδικασία του φυτρώματος, παρά όταν οι χαμηλές θερμοκρασίες παρατηρούνται αμέσως μετά τη σπορά.

 
- Η έξοδος των κοτυληδόνων δυσκολεύεται εάν έχει σχηματιστεί σκληρή κρούστα στην επιφάνεια του εδάφους, επειδή το υποκοτύλιο πρέπει να ασκήσει μεγάλη πίεση για να την σπάσει. Κρούστα μπορεί να σχηματιστεί από επανειλημμένες δυνατές βροχές ή από πότισμα με μεγάλη ποσότητα νερού για την υποβοήθηση του φυτρώματος. Επίσης, σε σκληρό έδαφος τα νεαρά φυτά εμποδίζονται στην ανάπτυξή τους και κινδυνεύουν να καταστραφούν. Όλα αυτά τα μειονεκτήματα επιτείνονται όταν επικρατούν και χαμηλές θερμοκρασίες.